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全部 72 章
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第一节本节指出达尔文在《物种起源》中承认进化论存在缺陷，即难以解释5.3亿年前许多生物突兀出现的“寒武纪大爆发”，其此前的岩层中未发现祖先形态。阅读第二节本节指出，活细胞中特定信息的起源是化学进化理论无法解答的难题，作者认为智能或思维是唯一已被证实能产生此类信息的原因，因此智能设计才是生命起源的最佳解释。阅读第三节作者回顾了2009年在德克萨斯州教育委员会作证的经历，当时委员会拟通过规定，鼓励教师在科学课上讲授进化论的优势与弱点。阅读第四节达尔文的理论被寒武纪化石记录所困扰：这一时期的岩层中突然出现大量结构复杂的动物，如三叶虫和腕足类，却找不到更早的简单祖先形态。阅读第五节塞奇威克指出，化石记录中普遍存在间断：寒武纪动物凭空出现，奥陶纪三叶虫、腕足类突然消失而海蝎、海星、四射珊瑚等新类群突然出现，泥盆纪首现两栖动物，二叠纪大灭绝后三叠纪又出现海龟……阅读第六节19世纪末实证主义兴起，阿加西斯虽被视作守旧者，但他其实是经验方法的大师：训练出大批学生，影响了威廉·詹姆斯等人；他收集海量标本，建立信息交流系统，也用经验方法研究过达尔文理论。阅读第七节史密森学会主任沃尔科特在加拿大瓦普塔山发现伯吉斯页岩，出土大量保存完好的中寒武纪化石。阅读第八节本节指出化石记录与达尔文理论的预言不符：前寒武纪地层中缺少预期的中间过渡化石，寒武纪的复杂生物（如欧巴宾海蝎、奇虾）及其所属门类突然涌现，无法用自然选择的渐变机制解释。阅读第九节本节讨论化石记录显示的模式与达尔文预期相反：进化枝之间的巨大差异先出现，其内部的小差异后出现，即“主旋律先于变奏曲”。阅读第十节陈均远教授在华盛顿大学讲座上介绍云南澄江帽天山发现的寒武纪早期化石，其完整性、丰富度超越伯吉斯页岩，进一步证实寒武纪大爆发。阅读第十一节本节讨论针对寒武纪大爆发的“假象学说”，即认为过渡类型因太小或太软而未被保存。阅读第十二节1984年，古生物学家侯先光在云南澄江帽天山页岩中发现澄江动物群，保存了大量软体组织和器官细节，保存精度超越伯吉斯页岩，证明沉积岩能保存古老柔软生物……阅读第十三节本节论述化石记录中普遍存在的形态间断问题。古生物学家迈克尔·富特通过统计抽样分析指出，尽管已发现的化石越来越多地被归入较高的分类群体……阅读第十四节作者在2009年于俄克拉荷马大学放映纪录片《达尔文的困境》时，遭遇了校方和学生的强烈抵制。阅读第十五节本节讨论埃迪卡拉纪生物群的分类及其与寒武纪动物的关系。斯普里格蠕虫曾被认为可能是三叶虫的祖先，但后续研究发现它没有肢体、眼睛等器官，且身体呈“滑行对称”而非两侧对称，分类至今未定。阅读第十六节本节论述埃迪卡拉纪化石无法解释寒武纪大爆发。作者指出，即便把埃迪卡拉纪与寒武纪算作连续事件……阅读第十七节本节指出，小春虫等前寒武纪简单生物无法充当所有两侧对称动物门的共同祖先：作为共同祖先，它只能具备双侧对称、三胚层等最基本的“平面图”，不能带有任何特定门类的辨识性特征……阅读第十八节面对前寒武纪化石记录的缺失，进化生物学家转而依靠分子遗传学，试图通过比较基因序列重建动物的演化历史，以证实动物共同祖先早已存在。阅读第十九节本节指出，分子钟研究得出的前寒武纪动物分歧时间相互矛盾。阅读第二十节什穆模型面临进退两难：要成为所有后生动物门可信的共同祖先，原始动物必须足够简单，但越简单就越缺乏各门特有的解剖特征，意味着需要更早的分歧点，从而加剧前寒武纪与寒武纪之间的化石间断……阅读第二十一节本节讨论证据与历史假说的关系：只有当所有证据共同指向同一历史时才可信，否则不可靠。阅读第二十二节本节指出，分子证据与形态解剖证据在构建动物进化树时普遍冲突。阅读第二十三节自1859年以来，动物门一级的系统发育分析始终没有得出一致结论，基于解剖和分子数据构建的动物生命树互相矛盾。阅读第二十四节古尔德和埃尔德雷奇提出的间断平衡理论认为，生物进化并非缓慢渐变，而是由长期停滞与短暂跳跃交替构成，因此化石记录中缺少过渡形式是正常现象。阅读第二十五节本节论述间断平衡理论在解释寒武纪大爆发时面临的困境。古生物学家瓦伦丁和欧文指出，物种选择需要大量既有物种作为基础，而前寒武纪化石记录中并不存在这样丰富的物种库……阅读第二十六节古尔德和埃尔德雷奇将间断平衡理论宣传为对新达尔文主义渐变论的革命性挑战，古尔德甚至断言新达尔文综合理论已经死亡。阅读第二十七节基因突变的发现调和了达尔文理论与孟德尔遗传学的矛盾。20世纪30—40年代，赖特、杜布赞斯基等进化生物学家借助群体遗传学建立数学模型，证明小规模突变可在人群中积累成大规模形态变化……阅读第二十八节香农信息论用概率量化信息：事件越不可能发生，包含的信息越多。阅读第二十九节彼得·梅达沃爵士主持的威斯塔会议，源于学界对新达尔文理论创新能力的不满。阅读第三十节舒岑贝格尔认为，文本中随机的字符替换必然降低其含义，进化也面临同样局限：在有限时间内，随机突变极难产生大量有功能的新信息。阅读第三十一节本节讲述道格拉斯·阿克斯对新达尔文进化论的质疑及其研究缘起。阅读第三十二节阿克斯认为，检验新达尔文主义的关键在于新蛋白质折叠的起源。阅读第三十三节本节讨论新达尔文主义的第一种进化方案：通过基因突变产生新的蛋白质折叠。阅读第三十四节本节讨论随机突变能否为基因进化提供足够概率。阿克斯估算地球生命史中可遗传的新基因序列总数约为10⁴⁰条，而产生特定功能蛋白质折叠的序列组合达10⁷⁷种……阅读第三十五节本节指出，仅靠随机突变和中性进化无法产生寒武纪所需的遗传信息。阅读第三十六节本节指出，龙先生文章引用的文献在解释新基因起源上存在根本缺陷：这些方案大多以预先存在的完整基因为前提，通过外显子重排、基因复制、信使RNA转录后移、基因水平转移、移动遗传单位转移……阅读第三十七节本节指出，基因复制、水平转移、外显子重排、逆转录、基因融合、点突变等六种新基因产生机制，都以预先存在的遗传信息和分子机器为前提，只能对既有基因做重排或微调……阅读第三十八节本节从三方面反驳外显子重排假说：其一，现存基因的外显子边界与蛋白质折叠域边界并不对应，若无对应关系则该假说无法解释蛋白质复合结构的起源；其二，从生理学上看……阅读第三十九节弗拉泽塔在解剖毛里求斯雷蛇时发现，其上颌骨分成两段并由关节、韧带等协同连接，不存在中间过渡状态。阅读第四十节1953年沃森和克里克揭示基因结构后，生物学家认识到突变如同代码中的排版错误，通常只会损害基因功能，单个突变难以产生新的有益性状。阅读第四十一节本节以强力球彩票作比，解释群体遗传学如何计算进化特征出现的“等待时间”。阅读第四十二节贝希计算出，在人类中产生两个协调突变需要数亿年，远超人类与黑猩猩600万年的分化时间，因此新达尔文主义机制无法解释人类起源。阅读第四十三节1979年起，遗传学家克里斯蒂安妮·鲁斯勒-沃尔哈德和埃里克·威绍斯在海德堡用诱变剂培育了数万只果蝇，通过观察幼虫的发育缺陷，反向推断出调控躯体模式的基因功能。阅读第四十四节本节讨论新达尔文主义在解释动物躯体模式起源时面临的发育难题。阅读第四十五节戴维森的研究表明，建立新的动物躯体模式需要新的发育基因调控网络（dGRNs），而改变已有的dGRN会破坏发育，这与工程学中功能集成度越高越难局部改动的约束原则相矛盾……阅读第四十六节本节论述构建躯体模式的重要信息并非全部来自DNA，而是存在于DNA之外的“表观遗传”信息中。阅读第四十七节本节反驳“以基因为中心”的观点，认为遗传信息不足以解释生物结构的空间位置和形式起源。阅读第四十八节2008年夏天，16位进化生物学家在奥地利阿尔滕贝格举行私人会议（后称“阿尔滕贝格16”），共同探讨进化理论的未来。阅读第四十九节本节讨论考夫曼和纽曼的自组织理论能否解释动物发育早期所需的特异遗传信息。阅读第五十节纽曼用动态图形模块解释细胞自组织形成躯体模式，但细胞簇有大量自由度，其排列方式需要额外信息指导，纽曼未能说明这些信息从何而来。阅读
