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第五十一节会议尾声，一名自组织倡导者私下承认该理论更像口号而非理论。阅读第五十二节顺式调控元件的改变只能带来翅膀斑点等轻微变化，哈佛大学的霍皮·胡克斯特拉和芝加哥大学的杰里·柯尼认为基因组研究并不支持顺式调控理论，且此类突变多导致性状丧失，而非新性状产生。阅读第五十三节林奇基于群体遗传学提出，自然选择对进化的作用有限，尤其在小种群中，随机环境因素更能决定生物能否繁育成功；他主张中性进化过程主导基因组复杂性的形成。阅读第五十四节本节指出林奇和阿贝格计算中性进化等待时间时的错误假设。作者用蒙眼人在无鲨鱼的大泳池中找楼梯作比，说明仅按最快路线计算会严重低估实际耗时，因为中性过程在无功能序列空间中是随机……阅读第五十五节夏皮罗认为细胞能像计算机一样在精确控制下指导遗传改变，这驳斥了突变随机发生的观点，但生物体预编程适应能力的来源仍待解答。阅读第五十六节本节讲述作者因阅读萨克斯顿关于DNA信息源自智能设计的假说，从达拉斯前往剑桥研究史实科学方法。阅读第五十七节科学家们在多个相互竞争的假说中判断最佳解释时，最重要的标准是“因果充足”，即寻找已知能产生该效果的原因。阅读第五十八节本节先从负面线索入手：戴维森与欧文指出，寒武纪大爆发中全新躯体模式的出现，要求该原因能自上而下快速产生新形式，且属于结构性的发育基因调控网络改变。阅读第五十九节本节从三个角度论证寒武纪动物信息的起源指向智能设计。首先，遗传算法模拟表明，突变和自然选择无法产生新的生物信息。阅读第六十节新达尔文主义预测不同的成年结构由不同基因产生，但事实是相同基因能在不同动物中产生完全不同的结构，这一发现被古尔德等人视为对正统理论的打击。阅读第六十一节本节论证智能设计能解释寒武纪化石记录的两个难题：祖先前体材料的缺失与进化停滞现象。阅读第六十二节本节借用切斯特顿笔下的故事开篇：四名看守因心理暗示而对身边的邮差视而不见，而这名邮差正是凶手。阅读第六十三节科学哲学界普遍认为，划分“科学”与“非科学”的标准本身就是有争议的，判断一个理论的价值更应看它是否有证据支持、是否为真，而非纠结于抽象的方法论特征。阅读第六十四节本节回应了对智能设计理论的两点质疑。首先，针对“智能设计不提供机制说明”的批评，作者指出智能设计提供的是一种涉及精神的因果解释，而非机械解释。阅读第六十五节本节指出，新达尔文主义将基因组中90%以上的非编码序列视为进化试错留下的“垃圾DNA”，而智能设计论则预测这些序列大多具有功能。阅读第六十六节登山途中，作者儿子的朋友——一位少年，向古生物学者导游质疑达尔文进化论：渐变的证据在哪里？阅读第六十七节设计理论为对抗唯物主义的空虚感提供了生命有意义、有目的的展望。阅读第六十八节本节围绕寒武纪化石记录的不连续性展开。作者指出，一些人以“硬件缺失”为由，认为前寒武纪生物因体型小、身体柔软而难以形成化石，进而把门类的出现归于寒武纪……阅读第六十九节分子证据显示，主要动物种系早在寒武纪之前约6.3亿年就已出现，早于化石记录的爆发，这得益于分子钟的推算。阅读第七十节本节先用从100个球中随机取出50个蓝球的概率计算为例，说明随机选出特定组合的概率极低；随后指出古尔德和埃尔德雷奇主张进化改变建立在物种更替而非渐进转化之上……阅读第七十一节本节指出，自然选择的文献只说明功能基因的起源，却未解释功能由谁选出。阅读第七十二节施瓦茨等学者指出，形态学变化在基因层面瞬间完成，但表观遗传信息实际决定同源基因功能：同一基因在不同物种中调控迥异的性状，且躯体模式受环境自上而下掌控。阅读
