《达尔文的疑问》第三十六节

本节指出，龙先生文章引用的文献在解释新基因起源上存在根本缺陷：这些方案大多以预先存在的完整基因为前提，通过外显子重排、基因复制、信使RNA转录后移、基因水平转移、移动遗传单位转移……

本节指出，龙先生文章引用的文献在解释新基因起源上存在根本缺陷：这些方案大多以预先存在的完整基因为前提，通过外显子重排、基因复制、信使RNA转录后移、基因水平转移、移动遗传单位转移、基因分裂或融合等机制改造先存基因，却未论证突变与自然选择如何在海量序列组合中发现真正的新基因，也未说明其在有限时间内完成的可能性，更未解决组合通胀问题。其中外显子重排无法产生新的蛋白质折叠；除从头起源外，其余机制均依赖先存遗传信息。

作者进一步质疑共同祖先基因假说：以基因序列相似性推断共同祖先并非定论，趋同进化（如齿鲸与蝙蝠各自独立进化出相似的回声定位系统及相关基因）和设计假说同样能解释相似性。更关键的是，各物种中存在成千上万缺乏任何已知同源序列的ORFan基因，且随着基因组检测增多，这类无匹配基因反而越来越多，无法用共同祖先加突变的方案解释。

最后，作者依据真实原因准则与莱尔“现在起作用的原因”原则，指出即便承认共同祖先存在，也未证明突变机制能产生必要的遗传信息：这些方案既无数学或实验论证，也未直接观测到设想的突变过程，其祖先基因是否存在亦无确凿证据，仅停留在假说层面。