《达尔文的疑问》第十八节

面对前寒武纪化石记录的缺失，进化生物学家转而依靠分子遗传学，试图通过比较基因序列重建动物的演化历史，以证实动物共同祖先早已存在。

面对前寒武纪化石记录的缺失，进化生物学家转而依靠分子遗传学，试图通过比较基因序列重建动物的演化历史，以证实动物共同祖先早已存在。这一思路催生了“深层分歧假说”，认为所有动物的共同祖先远在寒武纪之前就已出现，寒武纪只是长期演化的结果。支持者利用“分子钟”方法，通过测量基因突变率来推算物种分化的时间。雷等人的研究据此推断动物共同祖先生活在12亿年前，欧文的研究则估算为8亿年前，这些结论似乎印证了生命渐进演化的观点。

然而，作者对这一遗传学证据提出质疑。首先，深层分歧假说依赖的“假象学说”（即认为祖先因过于柔软而无法形成化石）站不住脚，因为许多软体化石已被发现，且腕足、节肢等动物的硬体结构在解剖学上无法解释其祖先的缺失。其次，不同的分子钟研究结果相互矛盾，对动物共同祖先出现时间的估算差异巨大，跨度达1亿至15亿年，甚至有研究将其置于寒武纪之后。这些不一致表明，仅凭基因证据得出的结论并不稳固，其可靠性有待商榷。