《达尔文的疑问》第五十四节

本节指出林奇和阿贝格计算中性进化等待时间时的错误假设。作者用蒙眼人在无鲨鱼的大泳池中找楼梯作比，说明仅按最快路线计算会严重低估实际耗时，因为中性过程在无功能序列空间中是随机……

本节指出林奇和阿贝格计算中性进化等待时间时的错误假设。作者用蒙眼人在无鲨鱼的大泳池中找楼梯作比，说明仅按最快路线计算会严重低估实际耗时，因为中性过程在无功能序列空间中是随机、无方向的，无法直接奔向特定适应。因此林奇大大低估了复杂适应的等待时间，阿克斯也用数学模型对其提出批判。

随后介绍了新拉马克表观遗传理论。达尔文本人的遗传理论沿袭拉马克的获得性遗传观点，后被孟德尔遗传学取代。当代学者亚布隆卡等人依据代谢途径遗传、结构信息传递、DNA甲基化和RNA介导等证据，主张非遗传信息可影响进化。但这些变化要么不改变，要么仅能维持数代（最长约四十多代），无法满足宏观进化对永久稳定遗传的要求，故其进化意义仍不明确。

最后介绍了夏皮罗的“自然基因工程”理论。他否认变异的随机性，认为生物体会以协调方式应对环境压力，如细菌的“急救应答”系统在受损时激活易错聚合酶以产生更多变异，并在修复后关闭；细胞还可重组基因组模块以适应环境。这挑战了新达尔文主义关于突变随机的主张。