《达尔文的疑问》第六十节

新达尔文主义预测不同的成年结构由不同基因产生，但事实是相同基因能在不同动物中产生完全不同的结构，这一发现被古尔德等人视为对正统理论的打击。

新达尔文主义预测不同的成年结构由不同基因产生，但事实是相同基因能在不同动物中产生完全不同的结构，这一发现被古尔德等人视为对正统理论的打击。智能设计理论用通用元件在不同系统中功能各异的例子来解释：基因模块的功能由其所处的更高层级系统决定，正如相同的单词在不同语境中含义不同，这被称为“有机体语境原则”，智能设计者可在不同系统中重复使用同一模块。

化石记录呈现“自上而下”格局，即躯体模式的重大差异先于种属层面的多样性出现。新达尔文主义的“自下而上”自组装模式既无化石证据，也难以成立；而智能设计的“自上而下”模式——先有蓝图再有部件——能解释这一格局，正如汽车的基本框架先于其各种变体。设计系统中必要功能与可选功能的层级关系，也支持这种模式。

此外，复杂结构的突然出现也符合智能设计：智能代理能够独立引入全新的技术系统，无需中间过渡形式；而唯物主义理论要求中间组织形式先行出现，无法解释寒武纪动物的突然登场。