《达尔文的疑问》第五十一节

会议尾声，一名自组织倡导者私下承认该理论更像口号而非理论。

会议尾声，一名自组织倡导者私下承认该理论更像口号而非理论。斯图尔特·考夫曼则以“自然魔法”“返魅”为自组织辩护，但作者认为，这其实是多年未能解答生命起源之谜后的无奈之举。自组织理论未能提供生命系统功能复杂性和特定信息起源的真正原因，违背了科学史上要求查明“真实原因”的原则。

为解释化石记录中新动物形态的快速出现，斯蒂芬·杰·古尔德在1980年重新提出大规模“大突变”观点，这可追溯至理查德·戈尔德施密特的“跃变论”。新达尔文主义者曾斥之为会产生畸形的“绝望怪兽”，古尔德也强调自己的“进化突变”只产生局部模块，随后在间断平衡理论中淡化了它。但这一思路仍启发了进化发育生物学等替代理论，它们与中性进化、表观遗传传递、自然遗传工程一道，都只强调了进化三元素的某一方面。

进化发育生物学源于古生物学家与发育生物学家的结盟，主张发育早期基因（如Hox基因）的突变可造成大规模形态变化。然而，这一主张与诱变实验相矛盾：早期突变多致胚胎死亡，后期突变又无法改变整体结构，形成“重大的不可行，可行的不重大”的两难。作者据此编写的教科书遭到美国国家科学教育中心的反驳，后者以顺式调控区域突变能产生大变化为例提出质疑。