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全部 60 章
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第一节适应与歧异是生命史研究的两大主题，18世纪自然史观念建立后二者才被历史与因果关系联系起来：布丰用地质时期解释生物相差异，拉马克以后天形质遗传说解释适应……阅读第二节作者说明本书既要表达经得起时间考验的观点，也不得不回应当前的批评，否则对读者不够负责。阅读第三节作者指出，培里以钟表类比生物、推断设计者的论证是错的：自然界唯一的钟表匠是盲目的物理力量，达尔文的自然选择正是这样一种无目的、无先见的过程，却能解释生物看似有目的的构造。阅读第四节活的生物必须持续做功，维持体温、含水量等与环境的差异，否则死后就会与环境趋于平衡；非生物则只被动服从物理定律，不会主动修补自身。阅读第五节作者先说明本节的任务分工：物理学家负责解释简单世界与终极规律，生物学家则把物理学事实视为理所当然，专以简单事物解释生物复杂现象的机制与起源，其解释只能利用物理定律……阅读第六节本节讨论蝙蝠回声定位的原理及其面临的工程难题。理论上声纳调子越高越精确，故多数蝙蝠使用人耳听不见的超声波；视力好的埃及食果蝙蝠仅以此辅助视觉，而小体型蝙蝠几乎全靠回声"看"世界。阅读第七节本节由多普勒效应讲到蝙蝠的回声定位与主观经验。骑车经过警报器或两车错车时，听到的音调会随相对速度变化，据此可算出速度；交警雷达测速即用此原理。阅读第八节格里芬1940年与同学高隆博什向动物学家发表蝙蝠回声定位的发现，一位著名科学家当场愤慨不信——雷达声纳还是军方机密，蝙蝠怎可能也懂。阅读第九节眼睛等复杂器官的演化以亿年计，无法留下化石。以家犬为例，人类几百年就从狼培育出众多品种，但这点时间在演化史上只相当于散步一步；要走到人类祖先露西那里需走约3.2公里……阅读第十节作者以“猴子打字机”思想实验说明两种选择方式的差别：让猴子随机敲28个键打出莎剧中一句短句，概率极低（约1/10⁴⁰），靠单步骤随机选择几乎不可能实现。阅读第十一节本节讲解作者如何在电脑模型中用递归分枝规则模拟生物发育与演化。阅读第十二节作者在计算机上运行"演化"程序，让生物形逐代突变并由他本人挑选中选者繁衍。阅读第十三节作者首先说明用映像管屏幕测试蜜蜂视觉的实验，因屏幕是为人眼设计而难以成功。阅读第十四节本节先改进生物形模型的呈现方式：去掉突出“锚地”生物形的三角形，并重新选择彼此遗传距离相等的三个锚地（蝎子、昆虫和一个不明物，相距30个基因单位）……阅读第十五节本节承接前文，用同样的逆推逻辑回答第三个问题：从现代人眼经一系列中间形态X，可以一路退回到无眼状态。阅读第十六节其他学者提出，不同猎食动物各只注意猎物的某一特征（颜色、形状、质地等），多重选择压力合力造就了完美拟态。阅读第十七节本节回应“半个肺有什么用”等质疑，论证复杂器官可由连续渐进的改良演化而来。阅读第十八节扁鱼（鲽鱼、大比目鱼等）的幼鱼像普通对称鱼，发育中颅骨扭曲，一只眼睛移到另一侧，成年后两眼同在朝上一面。阅读第十九节本节以回声定位为例，说明哺乳类中只有鲸豚（有齿鲸类，如海豚）发展出成熟的回声定位，与蝙蝠比肩。阅读第二十节本节论述大陆漂移与哺乳动物趋同演化的关系。德国地质学家魏格纳早年提出大陆漂移说，遭人嘲笑，如今已发展为板块构造论并被普遍接受。阅读第二十一节本节列举各大陆重复独立演化的例子。澳大利亚的有袋鼹鼠与别处鼹鼠形态功能趋同，有袋类、单孔类的针鼹、南美洲的食蚁兽科（含犰狳、树獭）以及旧世界的穿山甲、土猪都演化出食蚁的生业……阅读第二十二节本节指出，生物并无特别的“原生质”，生命的核心是信息与指令，应以信息技术而非“生命火花”来理解生命。阅读第二十三节本节以计算机内存作类比，解释DNA的信息储存与运作方式。阅读第二十四节本节讲基因的翻译与传递机制。DNA上每三个字母组成一个密码，对应一种氨基酸或停止信号，据此把一维的DNA信息转成蛋白质的三维结构。阅读第二十五节本节讨论自然选择与演化速率的关系，并推导出生命起源所需的基本要素。阅读第二十六节更好”指复制效率更高。作者以“黏度”为例：复本脱离模型快的品种，复制速率高，会在族群中占优势，形成朝向低黏度的演化潮流。阅读第二十七节本节讲的是：自然选择监控的是复制子的后果，因果链条多长、多间接都无关紧要。阅读第二十八节本节讨论如何为生命起源理论设定可接受的“运气”上限。作者指出，用“宇宙中行星极多”来论证别处必有生命，是把待证结论当成了假设；同样，认为地球是唯一生命行星也无不可……阅读第二十九节本节探讨生命起源的解答类型，并以卡林斯-史密斯的“无机矿物质理论”为例展开。阅读第三十节黏土、泥巴、岩石都由微小晶体构成，用扫描电镜观察可见其表面极为规整，但几乎都有瑕疵，且新晶层会复制这些瑕疵。阅读第三十一节安德森等化学家为支持有机太古浓汤理论，列举了黏土矿物质协助生命发生的五大功能；作者指出这些功能反过来讲，恰好支持卡林斯–史密斯的相反论点：黏土复制子合成并利用有机分子。阅读第三十二节作者用一根衡量“不可能”的数学标尺说明，我们大脑对概率的主观判断只覆盖以自身寿命为中心的狭窄范围，与生命起源这类十亿年才发生一次的事件相差上亿倍。阅读第三十三节本节讨论基因型共演化，即基因如何作为一个团队协同演化。基因的作用并非其固有性质，而取决于它所处的胚胎发育环境；对基因而言，其环境中最重要的部分是它遇到的其他基因。阅读第三十四节本节讲基因组如何增加基因数量。作者以自己写作时磁盘档案意外丢失、靠散落的化石文本片段复原第三章为例，引出化石基因在现存物种中可能被重新启用。阅读第三十五节本节讨论生物间的“敌人”关系与军备竞赛。任何让某物种生活困难的生物都可称为该物种的敌人，如斑马之于狮子、宿主之于绦虫。阅读第三十六节本节讨论军备竞赛的两种类型及其演化后果。同种成员因争夺相同资源，竞争往往比异种更激烈。阅读第三十七节本节讨论已灭绝动物的脑容量估算及其演化意义。杰利森根据头骨化石制作脑腔模型来估计脑容量，该方法可用现代动物校正误差。阅读第三十八节本节以瓦特调速器为引，说明正回馈与负回馈的区别：负回馈让系统稳定在理想值，正回馈则使微小变化不断加速放大，导致失控的增长或递减（如爆炸、发脾气、会场突然安静）。阅读第三十九节本节论证的核心是：雌性的择偶偏好如同其他生物特征一样，是受多基因影响、可量化的变项。阅读第四十节本节讨论费希尔的性择理论如何作为绿胡子效应的合理实现方式。阅读第四十一节费希尔与兰德的失控理论虽得出相同结论，但未必反映实况。奥唐纳指出兰德模型的失控性质本就内建于其假设中。阅读第四十二节本节讨论演化中的"改进"与正回馈现象。技术产品确有改进趋势，但语言等事物的演化并无优劣方向。阅读第四十三节本节讨论演化论中"疾变"观与化石记录的关系。化石是研究演化祖先的主要证据，但能形成化石的生物极少。阅读第四十四节本节讨论“跃进论”，即认为演化由一代之内完成重大突破的剧变推动。阅读第四十五节本节先讨论"剧变"型突变。蛇的脊椎骨数目比祖先和现生近亲都多，且各物种数目不一，说明其脊椎骨数在演化中不断变化。阅读第四十六节埃尔德雷奇与古尔德本可帮达尔文化解化石记录不完整带来的困境，却选择以反达尔文的姿态立论，强调演化是突然、间歇的“疾进”，并把自己的立场比作旧时的灾变论与跃进论。阅读第四十七节本节讨论演化速率的两种变速论观点。不连续变速论者（以埃尔德雷奇与古尔德为代表）认为演化只有"高速"（物种形成期，多见于小族群）与"停顿"（大型族群的演化停滞）两挡……阅读第四十八节作者指出，埃尔德雷奇与古尔德批评的“渐变论”实为“等速变化论”，这与达尔文的立场并不冲突；疾变平衡论本是达尔文主义内部的小补充，却被媒体放大为反达尔文的旗帜。阅读第四十九节本节论述生物分类的独特性：以最近共同祖先为标准的分枝分类系统，其结论可判真假并达成共识。阅读第五十节本节讨论物种界限的模糊性及其对伦理、法律和演化理论的影响。阅读
