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第五十一节本节讨论物种选择与分类学方法。作者指出，有性生殖物种演化更快、更易适应环境变迁，因而得以存留，但这属于物种层次的单步骤选择；性器官、生殖机制等复杂结构仍由个体层次的累积选择塑造……阅读第五十二节分类学家依据简约原则建构生物系谱：最简约的分枝树假设的演化变化最少，因为无亲缘物种演化出相同分子序列的概率极低。阅读第五十三节本节讨论分类学中“纯粹相似测量者”阵营，其共同点是分类研究中完全不谈演化，分为两派。阅读第五十四节本节主要讨论达尔文演化论的论敌。作者指出，转化分枝学派的纳尔逊与普拉尼克声称达尔文演化论是假的，其实只是想说明祖先物种难以确定，却被创造论者利用。阅读第五十五节拉马克理论因许诺人性可以不断向上提升，在感情上和意识形态上很有吸引力。阅读第五十六节本节讨论基因与身体发育的关系。作者指出，基因的作用更像食谱而非蓝图：胚胎发育是一个有次序的事件序列，特定细胞在特定时间只启动一小撮基因……阅读第五十七节本节讨论用进废退说（拉马克理论）为何不能解释复杂生物适应的演化。阅读第五十八节本节讨论"突变是随机的"这一说法的确切含义。作者指出，突变在许多方面其实并不随机：它常由X光、放射线等外力诱发；基因组中不同位点各有其特定突变率，存在变化极快的"热点"……阅读第五十九节突变受胚胎发育过程的严格限制，只能改变既有发育，不能凭空造出新性状；相比适应利益，突变是随机的，引导演化朝适应方向发展的只有自然选择。阅读第六十节本节讨论天择论最后的论敌——创造论。创造论各版本（如《创世纪》的瞬间创造，或神引导演化的说法）都依赖超自然存在的蓄意安排。阅读
