《盲眼钟表匠》第五十二节

分类学家依据简约原则建构生物系谱：最简约的分枝树假设的演化变化最少，因为无亲缘物种演化出相同分子序列的概率极低。

分类学家依据简约原则建构生物系谱：最简约的分枝树假设的演化变化最少，因为无亲缘物种演化出相同分子序列的概率极低。但可能的分枝树数量随物种增加而急剧膨胀，20个物种就有约8×10²⁰种可能，计算机穷举需上百亿年，因此须用快捷方式修剪。分子信息丰富，可用不同蛋白质互相检验，剔除趋同演化造成的巧合。新西兰学者用5种蛋白质研究11种动物，得到的分枝树彼此相似但不完全一致，例如人与狗还是与大鼠更近，各家结论有分歧，需更多蛋白质判断，这类歧见属正常预期。

分类学派系对立严重。按哲学基础分两阵营：演化系统学者（含分枝学派与传统演化分类学派）致力于找演化关系；纯粹相似测量者主张只研究相似模式，以免论证循环。分枝学派遵循亨尼希的原则，只关心分化顺序，不计分化后的变化量；传统演化分类学派则兼顾分枝模式与分化后累积的变化。分枝学者逐一评估可能的分枝树，把相似点最多者归为一支，并侧重新近演化出的特征。这种只看分枝的做法推到极端会产生怪异结论：例如以扫的后代停滞不变，雅各布的后代中也有一支停滞为鱼，于是以扫的现代子孙与雅各布那支停滞的子孙极为相似，尽管两者亲缘甚远。