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第一百零一节戴拉维、鲁宾等人讨论身体细胞与鱼群如何通过化学讯号和压力波交流，奥利维拉举出底栖细菌靠释放饥饿信号聚集的例子。阅读第一百零二节独立号尾部平衡箱进水，舰体缓慢下沉，甲板变成水池，供潜水艇下水使用。阅读第一百零三节韦弗试图用库茨魏尔技术公司的人造大脑，在计算机中模拟单细胞生物如何聚合成智慧生命，但毫无头绪。阅读第一百零四节安纳瓦克在水池边与戴拉维、灰狼会合，协助给第二中队的海豚安装摄影设备。阅读第一百零五节奥利维拉确认海水胶状物由深海变形虫组成，她和约翰逊分离出DNA溶液进行测序，结果发现每个细胞的DNA序列都完全不同，说明这是单细胞生物的聚合体。阅读第一百零六节约翰逊喝完一瓶红酒后在战舰机库睡着，被金属声惊醒，发现墙上开了一扇亮着灯的方形门。阅读第一百零七节约翰逊在舰上机库甲板昏迷后醒来，记不清发生了什么。安杰利医生为他检查，说他只是撞了个包，问他是不是喝了酒——因为现场有个空瓶，奥利维拉称两人曾一起在那儿喝酒。阅读第一百零八节安纳瓦克与韦弗讨论细胞如何结合成大脑，安纳瓦克提出每个细胞的DNA本身即是一颗能思考、能学习的小脑，韦弗虽觉理论离谱，仍答应为他编写程序验证，条件是安纳瓦克要为她按摩放松。阅读第一百零九节尚卡尔展示了水下生命对数学作业的回复，全部答对。克罗夫指出这证明对方能编制密码、具备符号运用能力，但安纳瓦克等人认为这不足以证明存在自觉智慧。阅读第一百一十节波尔曼让凡·马尔滕准备好无人遥控载具兰博，下潜打捞被火山岩卡死的吸管。阅读第一百一十一节安纳瓦克、范德比特和戴拉维讨论人类为何天生厌恶蜘蛛、蛇等自然威胁，却对枪支、汽车等更危险的现代物品毫无戒心；他们认为这是两百万年自然环境进化留下的本能……阅读第一百一十二节约翰逊与黎就人类与Yrr的关系展开争论。约翰逊认为人类文化受基因限制，无法与生物学相反的Yrr达成一致，但不必试图理解对方，而应通过改变视角、与自身保持距离来实现"撤退"。阅读第一百一十三节海中的不明物持续逼近独立号，卫星显示它已化为一根胶状软管，正向船底钻来。阅读第一百一十四节虎鲸咬断罗斯科维奇的腿，鲁宾在水边吓得嚎哭。黎下令建立联络并赶到登陆部队行动中心，命令排空舰尾浮箱、开动水泵，试图把水池排空。阅读第一百一十五节灰狼抱着受伤的皮克跑到走道前，安纳瓦克随后爬上堤坝。水位下降，池中出现一只发蓝光的长条形巨大生物，四处寻找出口。阅读第一百一十六节波尔曼与福斯特穿上潜水衣，从浮船闸门跳入海中，由水猎犬牵引下潜。阅读第一百一十七节波尔曼和福斯特在海底成功启动了吸管设备，但随后发现光岛后方出现扩大的蓝色光晕。阅读第一百一十八节波尔曼在光岛附近遭遇一只大双髻鲨袭击，被咬住半边身子拖行。阅读第一百一十九节约翰逊怀疑黎对他隐瞒了夜里的事，自己似乎曾看到鲁宾穿过机库甲板墙上的一道暗门，但事后找不到证据，一度怀疑是幻觉。阅读第一百二十节Yrr发来第二道信息，破译后是一个化学式H2O。克罗夫推测这可能是一张地图，表明Yrr生活在自由水域而非海底。阅读第一百二十一节克罗夫报告第二个信息的核心是一个水的分子式。奥利维拉接着介绍，她和西古尔等人从样本中提取出细胞结合时释放的费洛蒙并成功合成。阅读第一百二十二节会议上，安纳瓦克介绍：他们将Yrr的DNA输入学习程序，模拟群体在计算机上思维，结果这些人工Yrr展现出创造性与自主策略。阅读第一百二十三节总统与朱迪斯通话，追问消息泄露之事，得知美国在对抗海底非人智慧Yrr的行动上已近突破——鲁宾一两天内可备好人工合成的Yrr交流费洛蒙。阅读第一百二十四节安纳瓦克与约翰逊谈及船上人员是否同心，约翰逊重述自己出事前夜的所见，怀疑朱迪斯和鲁宾在暗中谋划。阅读第一百二十五节本节包含三段内容。会议中，奥利维拉指出Yrr的知识随个体存亡，克罗夫解读对方发来的史前地球图意在宣告其对地球的长久统治。阅读第一百二十六节约翰逊在仿真器里发现鲁宾藏起了不该出现的东西，鲁宾谎称是安全措施并警告他“切勿操之过急”。阅读第一百二十七节约翰逊在舰上找不到朱迪斯等人，便回到自己客舱，对着可能存在的监听设备说出他已想起大实验室上方还有一座秘密实验室，并暗示小组成员将共享他的记忆，以此逼对方现身。阅读第一百二十八节约翰逊要求离开监控室，朱迪斯以揭发秘密会妨碍舰上工作为由，让他答应暂时保密并给她时间解决，约翰逊勉强同意。阅读第一百二十九节韦弗从鲁宾口中逼问出真相：朱迪斯计划用一种能引发连锁死亡的毒剂消灭全部Yrr，两小时后就由她和鲁宾乘深飞三号投放。阅读第一百三十节约翰逊在平台上遭到范德比特和大副安德森的袭击，被举到台沿险些被扔进海里。阅读第一百三十一节黎开枪引发实验室混战，子弹击碎深海模拟器的防弹玻璃，数吨海水涌入。阅读第一百三十二节黎计划杀掉所有阻止她的人，必须在她把东西带走前阻止她。韦弗手握苏研制的费洛蒙浓缩液，提出一个尚不确定可行的计划。阅读第一百三十三节黎和皮克在实验室里找到了两支装有灭绝性毒剂的鱼雷管，黎打算将其投入海中。阅读第一百三十四节独立号严重倾斜，实验室里的胶状生物（Yrr）正重新聚集。阅读第一百三十五节安纳瓦克送走韦弗后，想起灰狼的预言和克罗夫的任务，决定返回独立号寻找珊·克罗夫。阅读第一百三十六节朱迪斯·黎持枪逼停正要启动深飞的约翰逊，声称自己已对潜艇做了手脚。阅读第一百三十七节朱迪斯·黎在深飞号潜水艇里准备下海投放毒剂，却发现控制权被约翰逊夺走，四枚鱼雷倒数发射，炸毁了深飞号和艇内的毒物，独立号舰尾随之进水下沉。阅读第一百三十八节本节写韦弗在深海中的下潜与一段关于认知的对话。对话指出人类习惯用分类、符号和统计去框定世界，把活生生的多样现实压缩成抽象标准，反而离真实越来越远；数学虽是与Yrr沟通的共同语言……阅读第一百三十九节韦弗驾驶潜水艇下潜至格陵兰海底，途中声呐显示有庞然大物逼近。阅读第一百四十节韦弗驾驶深飞号贴着海床上升，此时Yrr的群正在结合，形成庞大的云团逼近。阅读第一百四十一节韦弗目睹了海底的奇异景象：无数发光生物聚集在深蓝色圆盘表面，幻化成鱼群，最终显形为公交车大小的巨型乌贼。阅读第一百四十二节独立号沉没后攻击停止，救援队救出被困水下的波尔曼，海洋生态与水泵系统恢复正常，避免了冰河期。阅读
