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第五十一节埃齐奥与哥哥费德里克深夜在佛罗伦萨的屋顶上赛跑，约定以天主圣三大殿为终点，途中跨越了多处高耸的楼顶与街巷。阅读第五十二节埃齐奥在桥边与维耶里·德·帕齐冲突后，结识了克里斯蒂娜。阅读第五十三节埃齐奥把父亲乔凡尼写给洛伦佐的信交给洛伦佐的仆人波提奥，波提奥说洛伦佐已前往卡勒基，会尽快把信送到。阅读第五十四节埃齐奥随母亲玛莉亚拜访画家莱昂纳多·达·芬奇，取回新买的画。阅读第五十五节埃齐奥在宅中遭到管家安妮塔袭击，认出对方后得知：城市卫兵已逮捕父亲乔凡尼、费德里克和幼弟彼得鲁乔，并将他们关进维奇奥宫；母亲受惊崩溃，妹妹克劳迪娅也受了伤。阅读第五十六节埃齐奥在父亲密室的箱子里找到一副白色兜帽、护腕、无柄短刃、剑、一张绘有符号的图纸，以及父亲托付带给行政长官乌贝托·阿尔贝蒂的信和文件。阅读第五十七节埃齐奥亲眼看着父亲乔凡尼被处刑，震惊之下被阿尔贝蒂指认，他杀死一名卫兵后突围，却被多名卫兵围困。阅读第五十八节埃齐奥在葆拉的“愉悦之屋”得知母亲和克劳迪娅都很安全，但因风险暂不能见面。阅读第五十九节埃齐奥把剑刃、护腕和机械装置交给莱昂纳多修理。莱昂纳多发现裹着它们的牛皮纸是某本古籍的一页，上面的文字是手抄的密文，他据此推断出装置的构造原理，随后花几个小时把装置修好，与剑刃……阅读第六十节埃齐奥在圣十字教堂外偷听到行政长官乌贝托·阿尔贝蒂与洛伦佐公爵的争执，阿尔贝蒂承认自己与帕齐家联手，在洛伦佐离城时除掉了奥迪托雷家族。阅读第六十一节埃齐奥向妹妹克劳迪娅告知了家中的变故，克劳迪娅悲痛欲绝，母亲玛莉亚则神情麻木。阅读第六十二节埃齐奥到达蒙特里久尼，与叔叔马里奥会合。他告知家人被处死的消息，并讲述了密室、复仇及文件的事。阅读第六十三节埃齐奥接受了叔叔马里奥的严苛训练，但他仍决定带母亲玛莉亚和妹妹克劳迪娅去西班牙。阅读第六十四节埃齐奥在圣吉米亚诺的城堡中，发现帕齐家的队长罗伯托喝得酩酊大醉。阅读第六十五节马里奥告诉埃齐奥战局已转向有利，罗伯托率部增援，但奥拉齐奥阵亡。阅读第六十六节埃齐奥来到莱昂纳多的工作室，看到一件巨大的飞行器模型和相关演算笔记。阅读第六十七节埃齐奥救下被债主殴打的年轻人曼弗雷德·迪·阿泽塔，得知他是克里斯蒂娜的未婚妻。阅读第六十八节埃齐奥潜入礼拜堂，偷听到弗朗西斯科·德·帕齐、贝尔纳多·巴隆切里、斯蒂法诺·达·巴科诺尼、安东尼奥·马菲等人在叔叔雅各布和红衣主教罗德里戈·博尔吉亚的授意下密谋……阅读第六十九节弗朗西斯科·德·帕齐在教堂内被埃齐奥刺伤后，在巴隆切里劝说下撤退，临走放话此事未完。阅读第七十节埃齐奥与弗朗西斯科·德·帕齐在宫殿内激战，弗朗西斯科体力不支退到阳台，被埃齐奥打倒制服。阅读第七十一节埃齐奥向莱昂纳多道别并交给他一页新古籍。莱昂纳多辨认出这是另一把武器的设计图，剑身中空、可注入毒液，答应在埃齐奥离开前造好。阅读第七十二节埃齐奥翻上塔楼，接连收拾掉四名弩手，随后与牧师马菲交手。阅读第七十三节甘巴尔托打探到斯蒂法诺·达·巴科诺尼藏身于阿斯莫迪欧修道院。阅读第七十四节罗德里戈·博尔吉亚当着埃齐奥的面杀死了雅各布·德·帕齐，随后设下的伏兵被埃齐奥反杀。阅读第七十五节埃齐奥和莱昂纳多驾车进入峡谷，埃齐奥察觉高处埋伏着弓箭手，随后五六名博尔吉亚骑手从后方袭来。阅读第七十六节埃齐奥与莱昂纳多乘贡多拉游览威尼斯，接待者尼罗喋喋不休。阅读第七十七节罗莎中箭受伤，埃齐奥与乌戈将她送回盗贼公会总部。首领安东尼奥·德·麦坚尼斯取出箭头并为她包扎，随后向埃齐奥表明身份——他掌管威尼斯的盗贼与妓女团体……阅读第七十八节埃齐奥回到盗贼公会总部，安东尼奥告诉他公会内部有人被艾米利欧收买，请求埃齐奥带人清除叛徒。阅读第七十九节格里马尔迪告知艾米利欧，十天后将在圣斯蒂法诺广场召开会议，随后离去。阅读第八十节埃齐奥跟踪西尔维奥、马可和格里马尔迪，偷听到他们与“西班牙人”罗德里戈·博尔吉亚的密谋：罗德里戈决定让马可接替莫塞尼戈的总督之位，并指使格里马尔迪下毒……阅读第八十一节埃齐奥找到莱昂纳多，询问那张来自艾米利欧·巴巴伊格的古籍书页。阅读第八十二节埃齐奥在总督府中掐住格里马尔迪的领口，将他拖回房间并锁上门。阅读第八十三节西奥多拉修女（交际花兼妓院老板）和安东尼奥告诉埃齐奥，新总督戒备森严，无法接近，但即将举办的狂欢节派对是刺杀马可·巴巴伊格的好机会。阅读第八十四节埃齐奥在拳击赛中击倒对手，评审团却在西尔维奥·巴巴伊格的贿赂下把黄金面具判给了但丁。阅读第八十五节埃齐奥在西奥多拉的交际花馆中得到休整，几天后，安东尼奥的信使召他去见安东尼奥。阅读第八十六节埃齐奥循声找到被关在干船坞高墙铁笼里的雇佣兵队长巴托罗缪，他正被西尔维奥的十名卫兵羞辱。阅读第八十七节埃齐奥潜入兵工厂，杀死守卫侧门的卫兵，用剑刃卡住升降铁笼的机关，救出被吊在水池上方的囚犯，随后与获救者一同突围，回到圣彼得广场，与巴托罗缪及其部下重逢。阅读第八十八节埃齐奥收起一封没有地址的信，向两具尸体告别。巴托罗缪赶来告知兵工厂已被占领，威尼斯重获自由。阅读第八十九节埃齐奥击杀守卫，与红衣主教罗德里戈·博尔吉亚对峙。罗德里戈自称先知，挥剑攻击，双方交手，罗德里戈负伤后唤来大批援兵，并趁乱让手下夺走装着伊甸碎片的柚木盒子。阅读第九十节埃齐奥完成入门仪式后，从钟塔跃入干草堆，安全落地。当晚，他与马里奥、马基雅维利、莱昂纳多一同研究罗德里戈·博尔吉亚的圣物“伊甸碎片”（罗德里戈称其为“苹果”）。阅读第九十一节卡特琳娜痛骂占领弗利城的敌人，提出城西运河下有条旧隧道可通入城内。阅读第九十二节埃齐奥劝说卡特琳娜不要为了事业牺牲孩子，随后与马基雅维利告别，只身前往圣萨尔瓦扎村营救卡特琳娜的子女。阅读第九十三节切科·奥尔西夺得伊甸苹果后率部撤离，埃齐奥决定独自追击，让受伤的马基雅维利留下休养。阅读第九十四节埃齐奥醒来后回忆起伊甸苹果被一个戴黑色兜帽、缺一根手指的修士夺走。阅读第九十五节埃齐奥救下一名被卫兵拷打的修士，此人名叫马赛罗，是吉罗拉莫·萨佛纳罗拉的堂兄。阅读第九十六节埃齐奥用金钱接近萨佛纳罗拉的传道者，试图打探领袖下落，对方却只让他等待。阅读第九十七节马基雅维利向埃齐奥说明，萨佛纳罗拉靠个人魅力掌控了佛罗伦萨统治阶层，以暴力和恐惧驱使民众服从，并借助伊甸苹果巩固权力。阅读第九十八节暴民冲入圣马可修道院，埃齐奥趁乱拾回滚落在地的伊甸苹果。阅读第九十九节马基雅维利等人推断出，开启墓穴需要的两把钥匙分别是伊甸苹果和教皇权杖，而“西班牙人”罗德里戈很可能也已掌握线索。阅读第一百节埃齐奥在梵蒂冈地下的密室追上教皇罗德里戈，后者正对着满墙孔洞发怒。阅读
